Dalam upaya mewujudkan visi SMKS Muhammadiyah 3 Pucang Gading maka disusunlah berbagai Misi yang terdiri dari berbagai macam kegiatan. Misi SMKS Muhammadiyah 3 Pucang Gading berdasarkan setiap indikator yang terdapat pada Visi adalah sebagai berikut:

a. Melaksanakan pembiasaan keagamaan secara teratur dalam keseharian

b. Menciptakan suasana pembelajaran yang kreatif menyenangkan serta sumber ilmu yang sesuai perkembangan jaman

c. Membiasakan perilaku yang berakhlak mulia dengan landasan aqidah serta disiplin yang tinggi.

d. Menghasilkan tamatan yang jujur, mandiri, dan mampu mengembangkan diri sesuai bidang keilmuannya.

e. Membekali peserta didik dengan konsep revolusi industri 4.0